Puoi utilizzare un tool della PrimeWorks:
Data Port Wizard.
E' in grado di convertire i database in entrambe le direzioni. Non è gratuito, ma costa poco: 27 euro ca. Puoi scaricare una demo.
Ovviamente potresti anche scrivere tu stesso un software in C# che cicla nella struttura del database di origine e la replica nel formato di destinazione, ma perché l'algoritmo sia affidabile ed accurato potrebbe richiederti alcune giornate di lavoro...